二級生物安全柜同一級生物安全柜一樣，氣體也是從外部流入二級生物安全柜，通常稱(chēng)為進(jìn)流。進(jìn)流能夠防止微生物操作時(shí)產(chǎn)生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實(shí)驗室內。然而，它們不同于一級生物安全柜之處為，只讓經(jīng)HEPA過(guò)濾的（無(wú)菌的）空氣流過(guò)工作臺面。內置風(fēng)機將空氣經(jīng)前面的開(kāi)口引入安全柜內并進(jìn)入前面的進(jìn)風(fēng)格柵。因此沒(méi)有經(jīng)過(guò)過(guò)濾器過(guò)濾的空氣不會(huì )直接進(jìn)入工作區，從而保護安全柜內部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。

二級生物安全柜的一個(gè)獨有特征就是由垂直層狀薄片的(無(wú)定向的)HEPA過(guò)濾器過(guò)濾后，再安全柜內部形成向下流動(dòng)的氣流。氣流不斷地沖能可產(chǎn)生空氣傳播感染的安全柜內部，從而避面存放在柜體內的樣品受到感染。這樣的氣流被稱(chēng)作下沉氣流。

不同型號的二級生物安全柜的主要區別在于：排氣的比例以及氣體經(jīng)過(guò)空氣高壓再循環(huán)的比例不同。另外，不同的二級生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過(guò)濾后直接排到室內，有的是通過(guò)連接到專(zhuān)用通風(fēng)管道上的套管或通過(guò)建筑物的排風(fēng)系統排到建筑物外面。

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